監督自治區生態環境政策、規劃、法規、標準的執行，組織擬訂全區重特大突發生態環境事件和生態破壞事件的應急預案，指導協調調查處理工作，協調解決有關跨省區（盟市）環境污染糾紛，組織實施建設項目環境保護設施同時設計、同時施工、同時投產使用制度。
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